El museo alberga valiosas obras patrimoniales en materia escultórica, destacando la expresiva talla en madera policromada del Cristo Yacente, obra del Barroco español del siglo XVII atribuida a Gregorio Fernández, que hoy en día es la imagen titular de la Cofradía del Santo Entierro.

Cada uno de los seis retablos neoclásicos de la lglesia contienen importantes pinturas realizadas en 1787. Los tres retablos del lado de la Epístola fueron realizados por Francisco de Goya. Son interesantes por su mayor calidad artística y por ser representativas de un estilo personal, creativo y humanista de su máximo apogeo pictórico en la obra del genial pintor aragonés. Además, son los únicos cuadros suyos que se conservan en Castilla y León). Se titulan: Santa Ludgarda; La muerte de San José y Los santos Bernardo y Roberto.

Cada uno de los seis retablos neoclásicos contiene una importante pintura realizada en 1787. Las tres situadas en los tres retablos del lado del Evangelio fueron realizados por Ramón Bayeu. Las tres de Bayeu, representan a Santa Escolástica, La Inmaculada con San Francisco y San Antonio, y San Benito y se consideran de las mejores obras de su autor.

El Real Monasterio de San Joaquín y Santa Ana fue construido a finales del siglo XVIII siguiendo planos de Francesco Sabatini, en estilo Neoclásico, particularmente sobrio. La composición de la fachada y su decoración provienen de la tradición de la arquitectura herreriana. Destaca la iglesia, cuya planta adopta la forma elíptica y se cubre con cúpula de la misma forma.